Godzilla wpada do krateru Mihara. Jakiś czas później w bliskowchodnim kraju, Sarazji w laboratorium instytutu inżynierii genetycznej wybucha bomba. W tej eksplozji ginie Erika - jedyna córka znanego japońskiego naukowca, dr Shiragami - przechowywane zaś w tym laboratorium komórki ciała Godzilli ulegają zniszczeniu. Po pięciu latach od tych dramatycznych wypadków górą Mihara na wyspie Oshima wstrząsają kolejne wybuchy. Godzilla powraca. Na zlecenie rządu grupa naukowców próbuje stworzyć nieznaną dotychczas, straszliwą broń biologiczną przeciwko potworowi, będącą połączeniem komórek Godzilli oraz komórek róży (ulubionych kwiatów Eriki). Nieco później Biollante pokazuje się w wielkim jeziorze. Okazuje się, że Erika wniknęła w jego ciało.
三田村邦彦
Kazuhito Kirishima
田中好子
Asuka Okouchi
高嶋政伸
Major Sho Kuroki
高橋幸治
Genshiro Shiragami
峰岸徹
Lieutenant Goro Gondo
小高恵美
Miki Saegusa
永島敏行
Director Seiichi Yamamoto
金田龍之介
Azuka's Father
Kazuma Matsubara
Self Defense Forces Officer
Yasunori Yuge
Prime Minister
久我美子
Prime Minister's Wife
沢口靖子
Erika Shiragami